Реализовать шифрование журналов, в частности журнала access_log.txt т.к. в нем в открытом виде лежит ключ авторизации (в случае OTP by SMS). А в Setup-User-Log.txt лежат ключи для Google Authenticator. При инсталляции запрашивать ввод пароля для шифрования, а логи хранить в обычном ZIP с паролем.